Как понять активный металл или нет


Ряд активности металлов / Блог :: Бингоскул

Электрохимический ряд активности металлов (ряд напряжений, ряд стандартных электродных потенциалов) — последовательность, в которой металлы расположены в порядке увеличения их стандартных электрохимических потенциалов φ0, отвечающих полуреакции восстановления катиона металла Men+: Men+ + nē → Me

 

Практическое использование ряда активности металлов

Ряд напряжений используется на практике для сравнительной оценки химической активности металлов в реакциях с водными растворами солей и кислот и для оценки катодных и анодных процессов при электролизе:

  • Металлы, стоящие левее водорода, являются более сильными восстановителями, чем металлы, расположенные правее: они вытесняют последние из растворов солей. Например, взаимодействие Zn + Cu 2+ → Zn2+ + Cu возможно только в прямом направлении.
  • Металлы, стоящие в ряду левее водорода, вытесняют водород при взаимодействии с водными растворами кислот-неокислителей; наиболее активные металлы (до алюминия включительно) — и при взаимодействии с водой.
  • Металлы, стоящие в ряду правее водорода, с водными растворами кислот-неокислителей при обычных условиях не взаимодействуют.
  • При электролизе металлы, стоящие правее водорода, выделяются на катоде; восстановление металлов умеренной активности сопровождается выделением водорода; наиболее активные металлы (до алюминия) невозможно при обычных условиях выделить из водных растворов солей.

Самыми активными считаются щелочные металлы:

  • литий;
  • натрий;
  • калий;
  • рубидий;
  • цезий;
  • франций.

Таблица Менделеева

Таблица растворимости солей, кислот, оснований в воде

Что такое активный металл? (с изображением)

Активный металл - это металл, который имеет тенденцию сильно и быстро реагировать на другие элементы из-за расположения электронов в его структуре. Эти элементы можно найти в крайнем левом углу таблицы Менделеева, в группе I. Водород, расположенный в верхней части этого столбца в таблице Менделеева, имеет общие характеристики, но не относится к активным металлам.

Периодическая таблица - это таблица химических элементов, в которой элементы расположены в порядке их атомного номера.

Каждый активный металл имеет один электрон на внешней оболочке. Он может легко обменять этот электрон на катион, и произойдет химическая реакция. Эта реакция иногда может носить взрывной характер. Эти металлы настолько нестабильны, что не могут свободно появляться в чистом виде в естественной среде. Чистый активный металл взаимодействует с водой и воздухом и распадается на элемент другой формы.

Также известные как щелочные металлы, активные металлы включают, например, литий, рубидий, калий и натрий.Нестабильность этих металлов требует от исследователей, которые хотят работать с их чистыми формами, хранить их закрытыми и покрытыми инертным материалом. Масла обычно используются для изоляции активных металлов, чтобы они не вступали в реакцию с окружающим воздухом или водяным паром в воздухе. Некоторые студенты, изучающие естественные науки, возможно, видели демонстрации, на которых инструкторы берут куски активного металла и бросают их в емкости с водой, чтобы продемонстрировать, как эти металлы ведут себя в природе.

Активный металл может настолько сильно реагировать с водой, что вызывает взрыв.Сила реакции может вызвать поток воды из контейнера, когда элемент взаимодействует с жидкостью. Демонстрация таких реакций, помимо привлечения внимания студентов, которые любят взрывы, также служат предупреждением для студентов, которые могут работать с активными металлами. Металлы настолько реактивны, что могут даже вызвать химические реакции из-за пота на руках, и очень важно обращаться с ними осторожно, чтобы избежать травм.

Сама реакционная способность активных металлов может сделать их полезными для различных целей.Они используются в контролируемых химических реакциях, а также в производстве различных продуктов. Литий, например, используется в сложной форме в батареях, которые известны своей чрезвычайно долговечностью. Химики работают с активными металлами в самых разных условиях, и многие из них можно заказать через научные компании-поставщики. Стоимость может варьироваться, так как некоторые металлы встречаются реже и их трудно достать, и все они требуют особых мер предосторожности при обращении с ними при производстве и упаковке.

.

Страница не найдена (ошибка 404)

Страница, на которую вы пытаетесь перейти, отсутствует на нашем сервере.

Что ты умеешь?

  • Если вы ввели URL-адрес, убедитесь, что вы не допустили опечатки (распространенной ошибкой является размещение .htm вместо .html в конце, или наоборот).
  • Если вы перешли по длинному URL из отправленной по электронной почте ссылки, убедитесь, что ссылка не была разделена на две части. (некоторые почтовые системы делают это, если URL-адрес длиннее одной строки).Если это произошло, вырежьте и вставьте обе части ссылки в адресную строку браузера.
  • Если вы перешли по ссылке откуда-то еще в Mind Tools, с другого сайта или по электронной почте, было бы действительно полезно, если бы вы могли дайте нам знать , и мы постараемся исправить это.
  • вернуться на предыдущую страницу вы были на.
  • Перейти на нашу домашнюю страницу .
  • Если вы являетесь членом Mind Tools Club или Mind Tools Club Подключить пользователя , кликните сюда .
.

PDB-101: Learn: Руководство по пониманию данных PDB: Работа с координатами

Первичная информация, хранящаяся в архиве PDB, состоит из файлов координат. в котором перечислены атомы в каждой структуре и их трехмерное расположение в пространстве вдоль со сводной информацией о структуре, последовательности и эксперименте. Эти файлы доступны в нескольких форматах (PDBx / mmCIF, PDB, XML). В архиве также включает файлы данных, содержащие экспериментальные наблюдения, которые используются для определить эти атомные координаты.

Чтобы полностью изучить структуры в архиве PDB, полезно понять несколько понятий о файлах координат. Кроме того, эти знания помогут в с помощью программ визуализации.


Данные атомарного уровня

Типичная запись PDB будет содержать атомарные координаты для разнообразного набора белки, маленькие молекулы, ионы и вода.

Каждый атом в секции координат идентифицируется порядковым номером в входной файл, конкретное имя атома, имя и номер остатка, которому он принадлежит to, однобуквенный код для указания цепочки, ее координат x, y и z, а также заполняемость и температурный фактор (более подробно описаны ниже).

В формате PDBx / mmCIF эта информация хранится в категории _atom_site. (см. Руководство для начинающих по структурам PDB и формату PDBx / mmCIF для дополнительной информации). Ниже показаны первые несколько строк из этого раздел записи 4HHB.

loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.label_company_id
_atom_site_site.label_entity_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
ATOM 1 NN. LYS A 1 7? 12,364 -13,639 8,445 1,00 54,67? 527 LYS A N 1
ATOM 2 C CA.LYS A 1 7? 11,119 -12,888 8,550 1,00 49,59? 527 LYS A CA 1
ATOM 3 C C. LYS A 1 7? 9,961 -13,651 7,926 1,00 44,77? 527 LYS A C 1
АТОМ 4 O O. LYS A 1 7? 9,055 -14,126 8,617 1,00 49,39? 527 LYS A O 1
ATOM 5 C CB. LYS A 1 7? 11,255 -11,538 7,841 1,00 49,41? 527 LYS A CB 1
ATOM 6 C CG. LYS A 1 7? 10,169 -10,531 8.174 1.00 53.16? 527 LYS A CG 1
ATOM 7 C CD. LYS A 1 7? 10.523 -9,771 9,432 1,00 59,71? 527 LYS A CD 1
ATOM 8 C CE. LYS A 1 7? 11,779 -8,947 9,195 1,00 63,60? 527 LYS A CE 1
ATOM 9 N NZ. LYS A 1 7? 12,353 -8,381 10,443 1,00 64,85? 527 LYS A NZ 1
ATOM 10 N N. ARG A 1 8? 10,011 -13,762 6.603 1.00 40.03? 528 ARG A N 1

В формате файла PDB запись ATOM используется для идентификации белков или атомов нуклеиновых кислот, а также используется запись HETATM. для идентификации атомов в небольших молекулах.Ниже показаны первые несколько строк из этого раздела статьи 4HHB.

АТОМ 1 N LYS A 527 12,364 -13,639 8,445 1,00 54,67 Н
ATOM 2 CA LYS A 527 11,119 -12,888 8,550 1,00 49,59 C
ATOM 3 C LYS A 527 9,961 -13,651 7,926 1,00 44,77 C
ATOM 4 O LYS A 527 9,055 -14,126 8,617 1,00 49,39 O
ATOM 5 CB LYS A 527 11,255 -11,538 7,841 1.00 49,41 C
ATOM 7 CD LYS A 527 10,523 -9,771 9,432 1,00 59,71 C
ATOM 8 CE LYS A 527 11,779 -8,947 9,195 1,00 63,60 C
ATOM 9 NZ LYS A 527 12,353 -8,381 10.443 1.00 64.85 N
ATOM 10 N ARG A 528 10.011 -13.762 6.603 1.00 40.03 №

Эта информация дает вам полный контроль при изучении структуры. Например, большинство молекулярных графиков программы позволяют выборочно окрашивать идентифицированные части молекулы - например, выделять все атомов углерода и раскрасить их в зеленый цвет, или выбрать одну конкретную аминокислоту и выделить ее.

На левом изображении показан миоглобин (запись PDB 1mbo) используя ленточную диаграмму для белка и изображение в виде шарика и палочек для небольших молекул. Справа На изображении показаны все атомы, группа гема выделена ярко-красным цветом, а связанная молекула кислорода в бирюзовый.

Совет: по умолчанию многие программы молекулярной графики не отображают молекулы воды, которые могут присутствовать даже в хотя они часто важны для функционирования и взаимодействия биологических молекул.Большинство этих программ есть способ отобразить их, если вы используете их методы для выбора атома.


Цепи и модели

Биологические молекулы имеют иерархическую структуру, от атомов к остаткам, от цепочек к сборкам. Координатные файлы содержат способы организации и определения молекул на всех этих уровнях. Как описано выше, имена атомов и информация об остатках включается в каждую запись атома.

В формате PDBx / mmCIF циклический характер записей позволяет легко представлять различные цепочки и несколько молекул.

Ниже показан сегмент записи 4hhb, показывающий переход от цепочки A к цепочке B, где цепочка обозначенный в записи _atom_site.label_asym_id и далее идентифицированный в записи _atom_site.label_entity_id. См. Для начинающих Руководство по структурам PDB и формату PDBx / mmCIF для введения в сущности.

loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
ATOM 1 N N.ВАЛ А 1 1? 6,204 16,869 4,854 1,00 49,05? 1 VAL A N 1
ATOM 2 C CA. ВАЛ А 1 1? 6,913 17,759 4.607 1.00 43.14? 1 VAL A CA 1
ATOM 3 C C. ВАЛ А 1 1? 8,504 17,378 4,797 1,00 24,80? 1 VAL A C 1

ATOM 1067 N Nh2. ARG A 1 141? -10,147 7,455 -6,079 1,00 23,24? 141 ARG A Nh2 1
ATOM 1068 N Nh3. ARG A 1 141? -8,672 8,328 -4,506 1,00 33,34? 141 ARG A Nh3 1
ATOM 1069 O OXT.ARG A 1 141? -9,474 13,682 -9,742 1,00 31,52? 141 ARG A OXT 1
ATOM 1070 N N. VAL B 2 1? 9,223 -20,614 1,365 1,00 46,08? 1 VAL B N 1
ATOM 1071 C CA. VAL B 2 1? 8,694 -20,026 -0,123 1,00 70,96? 1 VAL B CA 1
ATOM 1072 C C. VAL B 2 1? 9,668 -21,068 -1,645 1,00 69,74? 1 VAL B C 1
ATOM 1073 O O. VAL B 2 1? 9,370 -22,612 -0,994 1,00 71,82? 1 VAL B O 1

Здесь для раствора ЯМР структура ансамбля запись 1vre, _atom_site.Запись pdbx_PDB_model_num используется для обозначения 29 различных моделей представленных в файле:

loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.занятость
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_asym_id_iso_or_equiv
_atom_site_site.auth_asym_id_
_atom_domdel_site_site_site_atom_site_site_site_
_atom_domdel_site_site_site_atom_16 . GLY A 1 1? 13,878 9,721 9,134 1,00 0,00? 1 GLY A N 1
ATOM 2 C CA . GLY A 1 1? 12,761 8,747 8,973 1,00 0,00? 1 GLY A CA 1
ATOM 3 C C . GLY A 1 1? 13,273 7,506 8,239 1.00 0,00? 1 GLY A C 1

HETATM 2175 H HBD2. НЕМ В 2. ? -8,871 3,884 -8,248 1,00 0,00? 148 HEM A HBD2 1
HETATM 2176 C C . Директор по маркетингу C 3. ? -7,184 0,894 -1,865 1,00 0,00? 149 CMO A C 1
HETATM 2177 O O . Директор по маркетингу C 3. ? -7,008 -0,217 -1,956 1,00 0,00? 149 CMO A O 1
ATOM 2178 N N . GLY A 1 1? 11,063 9,378 8,937 1,00 0,00? 1 GLY A N 2
ATOM 2179 C CA . GLY A 1 1? 10,504 8,078 8.473 1,00 0,00? 1 GLY A CA 2
ATOM 2180 C C . GLY A 1 1? 11,648 7,196 7,970 1,00 0,00? 1 GLY A C 2

HETATM 63131 H HBD2 . НЕМ В 2. ? -8,603 4,604 -7,315 1,00 0,00? 148 HEM A HBD2 29
HETATM 63132 C C . Директор по маркетингу C 3. ? -7,211 0,912 -1,966 1,00 0,00? 149 CMO A C 29
HETATM 63133 O O . Директор по маркетингу C 3. ? -7,058 -0,203 -2,022 1,00 0,00? 149 CMO A O 29

В формате файла PDB записи TER используются для разделения цепочек белков и нуклеиновых кислот.Цепи включены одна за другим в файле, разделенные записью TER, чтобы указать, что цепи физически не связаны с друг с другом. Большинство программ молекулярной графики ищут эту запись TER, чтобы не связывать разные цепи. Ниже показана часть записи 4HHB, в которой запись TER используется для отделения первой копии альфа-цепь (цепь A) из первой копии бета-цепи (цепочка B):

ATOM 1067 Nh2 ARG A 141-10.147 7,455 -6,079 1,00 23,24 Н
ATOM 1068 Nh3 ARG A 141 -8,672 8,328 -4,506 1,00 33,34 Н
ATOM 1069 OXT ARG A 141 -9,474 13,682 -9,742 1,00 31,52 O
TER 1070 ARG A 141
АТОМ 1071 Н ВАЛ В 1 9,223 -20,614 1,365 1,00 46,08 Н
ATOM 1072 CA VAL B 1 8,694 -20,026 -0,123 1,00 70,96 C
ATOM 1073 C VAL B 1 9.668 -21,068 -1,645 1,00 69,74 C
ATOM 1074 O VAL B 1 9,370 -22,612 -0,994 1,00 71,82 O
ATOM 1075 CB VAL B 1 9,283 -18,281 -0,381 1,00 59,18 C
ATOM 1076 CG1 VAL B 1 7,449 -17,518 -0,791 1,00 57,89 С

Цепочки B и C будут разделены аналогично, как и цепочки C и D.

Файлы формата

PDB используют ключевые слова MODEL / ENDMDL для обозначения нескольких молекул в одном файле.Первоначально он был создан для архивирования наборов координат, которые включают несколько разных моделей одной и той же структуры, например структурные ансамбли, полученные при ЯМР-анализе. Когда вы просматриваете эти файлы, вы увидите наложенные друг на друга десятки похожих молекул. Ключевое слово MODEL теперь также используется в файлах биологических сборок для разделения многих симметричных копий молекулы, которые создаются из асимметричной единицы (для получения дополнительной информации см. Руководство по биологическим сборкам).

Ниже показан фрагмент файла биологической сборки записи 1out, который содержит половину (цепи A и B) модели гемоглобина в асимметричной единице.Полная четырехцепочечная молекула находится в файле биологической сборки, где два набора из двух цепей разделены записями МОДЕЛИ:


МОДЕЛЬ 1
HETATM 1 C ACE A 0 40,573 27,347 55,464 1,00 42,49 C
HETATM 2 O ACE A 0 41,130 27,445 56,567 1,00 50,27 O
HETATM 3 Ch4 ACE A 0 39,709 28,526 55.115 1.00 49.32 C

HETATM 2475 O HOH B 238 8.440 58,387 54,230 1,00 67,86 O
HETATM 2476 O HOH B 239 23,699 54,828 72,752 1,00 71,63 O
HETATM 2477 O HOH B 240 30,823 46,229 47.604 1.00 71.95 O
ENDMDL
МОДЕЛЬ 2
HETATM 1 C ACE A 0 50.950 33.338 48,783 1,00 42,49 C
HETATM 2 O ACE A 0 50.587 32,905 47,680 1,00 50,27 O
HETATM 3 Ch4 ACE A 0 50,361 34,676 49,132 1,00 49,32 C

HETATM 2475 O HOH B 238 40,135 76,686 50,017 1,00 67,86 O
HETATM 2476 O HOH B 239 35,588 61,692 31,495 1,00 71,63 O
HETATM 2477 O HOH B 240 39,473 51,223 56,643 1,00 71,95 O
ENDMDL
MASTER 0 0 0 16 0 0 8 6 2475 2 0 23
КОНЕЦ

Две полезные схемы раскраски позволяют вам исследовать различные цепочки в любом данном PDB-файле.Первый, вы можете раскрасить каждую цепочку по-разному, чтобы показать упаковку различных цепей в молекуле, как показано на нижнем изображении. Затем вы можете раскрасить каждую цепочку, используя радугу цветов от одного конца цепочки до другого, чтобы выделить ее характеристики складывания, как показано вверху. Оба эти метода доступны в большинстве программ молекулярной графики. Показанная здесь молекула гемолизин из PDB структуры 7ahl.


Температурный коэффициент

Если бы мы могли удерживать атом жестко закрепленным в одном месте, мы могли бы наблюдать его распределение электронов в идеальной ситуации.Изображение будет плотным к центру, а плотность будет падать дальше от ядра. Однако, если посмотреть на экспериментальные распределения электронной плотности, электроны обычно имеют более широкое распределение, чем это идеальное. Это может быть связано с колебаниями атомов или различиями между множеством разных молекул в кристаллической решетке. Наблюдаемая плотность электронов будет включать в себя среднее значение всех этих небольших движений, что дает слегка размытое изображение молекулы.

Эти движения и результирующее размытие электронной плотности включаются в модель атома с помощью B-значения или температурного фактора.Величина смазывания пропорциональна величине B-значения. Значения меньше 10 создают очень четкую модель атома, это указывает на то, что атом мало движется и находится в одном и том же положении во всех молекулах в кристалле. Значения больше 50 или так указывают на то, что атом движется так сильно, что его едва можно увидеть. Это часто случается с атомами на поверхности белков, где длинные боковые цепи могут свободно покачиваться в окружающей воде.

В формате PDBx / mmCIF файл _atom_site.Запись B_iso_or_equiv используется для хранения значений температурного фактора. Снова из статьи 4hhb:

<Надрез>
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.занятость
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_asym_id_iso_or_equiv. ВАЛ А 1 1? 6,204 16,869 4,854 1,00 49,05? 1 VAL A N 1
ATOM 2 C CA. ВАЛ А 1 1? 6,913 17,759 4.607 1.00 43.14? 1 VAL A CA 1
ATOM 3 C C. ВАЛ А 1 1? 8,504 17,378 4,797 1,00 24.80? 1 VAL A C 1

В формате файла PDB температурный коэффициент указан в столбцах 61–66. Из записи 4hhb:


ATOM 1 N VAL A 1 6,204 16,869 4,854 1,00 49,05 Н
АТОМ 2 CA VAL A 1 6,913 17,759 4,607 1,00 43,14 C
ATOM 3 C VAL A 1 8,504 17,378 4,797 1,00 24,80 С
<снип>

Показанный пример взят из структуры миоглобина, решенной в 2.Разрешение 0 Å (PDB запись 1mbi). Показаны две гистидиновые аминокислоты. Слева находится HIS93, который координируется с атомом железа и, таким образом, прочно удерживается на месте. Он имеет B-значения в диапазоне 15-20 - обратите внимание, как контуры красиво окружают всю аминокислоту, обнаруживая резкую электронную плотность. Справа - HIS81, который экспонируется на поверхности белка и имеет более высокие значения B в диапазоне 22-74. Также обратите внимание, как контуры охватывают меньшее пространство, показывая меньшую область с высокой концентрацией электронов. для этой аминокислоты, потому что общая электронная плотность слабо размазана в пространстве вокруг контуров.

На рисунке показана молекула целиком, а атомы окрашены температурные факторы. Высокие значения с указанием лотов движения, отображаются красным и желтым, а низкие значения - синим. Заметить, что внутренняя часть белка имеет низкие значения B а аминокислоты на поверхности имеют более высокие значения.

Щелкните вкладку Jmol, чтобы увидеть интерактивный Jmol.

Jmol показывает всю молекулу с атомами, окрашенными температурные факторы.Высокие значения, указывающие на большое движение, показаны красным и желтым, а низкие значения - синим. Обратите внимание, что внутренняя часть белка имеет низкие значения B, а аминокислоты на поверхности имеют более высокие значения.

Совет. Температурные факторы являются показателем нашей уверенности в местонахождении каждый атом. Если вы найдете атом на поверхность белка с высоким температурным фактором, помните, что это атом, вероятно, много движется, и что координаты, указанные в файле PDB, представляют собой только один возможный снимок его местоположения.


Занятость и множественные соответствия

Макромолекулярные кристаллы состоят из множества отдельных молекул, расположенных симметрично. В некоторых кристаллах между каждой из этих молекул есть небольшие различия. Например, боковая цепь на поверхности может качаться вперед и назад между несколькими конформациями, или субстрат может связываться в двух ориентациях в активном центре, или ион металла может быть связан с только несколько молекул. Когда исследователи строят атомную модель этих частей, они могут использовать занятости для оценки количества каждой конформации, наблюдаемой в кристалле.Для большинства атомов заселенность дается значение 1, указывающее, что атом находится во всех молекулах в одном и том же месте в кристалле. Однако, если ион металла связывается только с половиной молекул в кристалле, исследователь увидит слабое изображение иона. в карте электронной плотности и может назначить для этого атома заполнение 0,5 в файле структуры PDB. Занятия также обычно используется для идентификации боковых цепей или лигандов, которые наблюдаются во множественных конформациях. Значение занятости используется для обозначения доля молекул, которые имеют каждую из конформаций.Для каждого атома включены две (или более) записи об атомах с заполнением например 0,5 и 0,5, или 0,4 и 0,6, или другие частичные заполненности, которые в сумме составляют 1.

Альтернативные конформации миоглобина: два показанных изображения взяты из структуры миоглобина с высоким разрешением на входе 1a6m: глутамин 8 находится слева, а тирозин 151 справа. В обоих случаях вкладчики интерпретировали экспериментальные данные как показывающие два конформации аминокислоты с заселенностью 0.57 и 0,43 для глутамина и 0,5 для каждой из конформаций тирозина. Синий контуры окружают области с высокой электронной плотностью, а модель атома показана в виде стержней.

На приведенном ниже изображении всей молекулы миоглобина показаны все аминокислоты, которые имеют две конформации в файле.

Щелкните вкладку Jmol, чтобы увидеть интерактивный Jmol.

Альтернативные конформации миоглобина (запись PDB 1a6m)

Совет: при работе с записями PDB с несколькими координатами часто требуется обращать пристальное внимание.Нет, это не так всегда можно выбрать только конформации "А" и выбросить конформации "B". Нужно внимательно смотреть в каждом случае и убедиться, что нет никаких плохие контакты между мобильными сайдчейнами.

В формате PDBx / mmCIF альтернативные соответствия указываются в категории _atom_site.label_alt_id, а занятость - в категории _atom_site.occupancy. Ниже показан остаток 8 из записи 1a6m.

loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.ID
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num

ATOM 63 N N. GLN A 1 8? 5,404 13,203 22,532 1,00 8,42? 8 GLN A N 1
ATOM 64 C CA. GLN A 1 8? 6,475 12,812 23,418 1,00 8,84? 8 GLN A CA 1
ATOM 65 C C. GLN A 1 8? 7,602 12,149 22,631 1,00 8,08? 8 GLN A C 1
ATOM 66 O O. GLN A 1 8? 8,769 12,399 22,918 1,00 8,39? 8 GLN A O 1
ATOM 67 C CB A GLN A 1 8? 5,987 11.822 24,520 0,57 13,03? 8 GLN A CB 1
ATOM 68 C CB B GLN A 1 8? 5,948 11,968 24,580 0,43 9,68? 8 GLN A CB 1
ATOM 69 C CG A GLN A 1 8? 7,030 11,303 25,506 0,57 16,30? 8 GLN A CG 1
ATOM 70 C CG B GLN A 1 8? 6,967 12,094 25,688 0,43 12,07? 8 GLN A CG 1
ATOM 71 C CD A GLN A 1 8? 7,981 10,227 25,063 0,57 15,61? 8 GLN A CD 1
ATOM 72 C CD B GLN A 1 8? 6,439 11,470 26,952 0,43 14.43? 8 GLN A CD 1
ATOM 73 O OE1 A GLN A 1 8? 7,688 9,392 24,214 0,57 19,54? 8 GLN A OE1 1
ATOM 74 O OE1 B GLN A 1 8? 5,419 10,767 26,918 0,43 17,46? 8 GLN A OE1 1
ATOM 75 N NE2 A GLN A 1 8? 9,219 10,114 25,607 0,57 21,38? 8 GLN A NE2 1
ATOM 76 N NE2 B GLN A 1 8? 7,067 11,762 28,084 0,43 14,03? 8 GLN A NE2 1

В формате файла PDB альтернативные соответствия приведены в столбце 17 с использованием индикатора альтернативного местоположения, а занятость - в столбцах 55–60.Ниже из записи 1a6m показан остаток 8 глутамина, смоделированный в двух различных конформациях, A и B, где дана конформация A. 57% -ное заполнение и соответствие B предоставляется 43% -ное заполнение:

ATOM 63 N GLN A 8 5,404 13,203 22,532 1,00 8,42 N
ATOM 64 CA GLN A 8 6,475 12,812 23,418 1,00 8,84 C
ATOM 65 C GLN A 8 7,602 12,149 22,631 1,00 8,08 C
ATOM 66 O GLN A 8 8.769 12,399 22,918 1,00 8,39 O
ATOM 67 CB AGLN А 8 5,987 11,822 24,520 0,57 13.03 C
ATOM 68 CB BGLN А 8 5,948 11,968 24,580 0,43 9.68 C
АТОМ 69 CG AGLN А 8 7,030 11,303 25,506 0,57 16.30 C
ATOM 70 CG BGLN А 8 6,967 12,094 25,688 0,43 12.07 C
ATOM 71 CD AGLN А 8 7,981 10,227 25,063 0,57 15.61 C
ATOM 72 CD BGLN А 8 6.439 11,470 26,952 0,43 14.43 C
АТОМ 73 OE1AGLN А 8 7,688 9,392 24,214 0,57 19,54 O
АТОМ 74 OE1BGLN А 8 5,419 10,767 26,918 0,43 17,46 O
АТОМ 75 NE2AGLN А 8 9,219 10,114 25,607 0,57 21.38 Н
АТОМ 76 NE2BGLN А 8 7,067 11,762 28,084 0,43 14.03 N
<снип>


Авторы

Обновление 2019 г., Рэйчел Грин и Кристин Зардеки

.

15 методов активного слушания для эффективного общения

Переключить навигацию
  • Crypto Обзоры
  • здоровья
    • Питание
    • Еда и рецепты
    • Сексуальное здоровье
  • Красота
    • Уход за волосами
    • Уход за кожей
  • Домашние средства
    • Индекс домашних средств защиты
  • Как записаться
  • Отношения
    • Любовь и секс
    • Мужские свидания
    • Знакомства женщин
    • Брак и отношения
    • Воспитание и семья
  • LifeStyle